این پژوهش به بررسی مسأله انتخاب تأمین کننده در یک زنجیره تأمین سه سطحی شامل تخفیف های هزینه حمل ونقل می پردازد. فرض بر این است که تأمین کنندگان و انبارها دارای ظرفیت محدود هستند. دو تابع هدف ناسازگار برای این مسأله در نظر گرفته می شود که عبارتند از کمینه کردن هزینه های لجستیک از جمله خرید، حمل ونقل و نگهداری و کمینه کردن زمان تدارک کالا (لید تایم). ابتدا یک مدل برنامه ریزی ریاضی برای مسأله ارائه شده، سپس به منظور بهینه سازی همزمان دو تابع هدف و تولید جواب های پارتویی مسأله، الگوریتم NSGA II برای حل مسأله در ابعاد بزرگ توسعه داده می شود. در نهایت برای آزمودن کارآیی الگوریتم پیشنهادی، تعدادی مسأله نمونه در اندازه های مختلف تولید و حل می شوند. مقایسه نتایج حاصل از حل مدل ریاضی به روش اپسیلون محدودیت در محیط نرم افزار GAMS و الگوریتم فرا ابتکاری حاکی از کارآیی الگوریتم پیشنهادی می باشد.