امروزه شکی وجود ندارد که انقلاب و جهش عظیمی که در فناوری اطلاعات و ارتباطات روی داده، تمامی جنبه های زندگی بشر را تحت تأثیر قرار داده است. در حوزه بهداشت و درمان استفاده از این فناوری می تواند مزیت های عمده ای برای دولت و مردم در پی داشته باشد. اما استقرار نظام سلامت الکترونیکی در ایران دارای موانع و چالش های خاص خود است که به نظر می رسد برخی از آن ها به خاطر ماهیت پویا و تا حدودی پوشیده فناوری اطلاعات (و به طبع کاربردهای جدید آن) است و برخی دیگر به دلیل ساختار و وضعیت اقتصادی، اجتماعی است. این مقاله با مطالعه و بررسی فعالیت های کشورهای پیشرو در زمینه نظام سلامت الکترونیکی، موانع و چالش های پیشرفت ایران را در راه استقرار این نظام تبیین و تشریح می کند. در فرآیند شناسایی موانع و چالش های پیاده سازی نظام سلامت الکترونیکی غالب اطلاعات در دسترس به صورت ترمهای زبانی هستند که مبهم و نادقیق اند، بنابراین در اکثر مواقع تشخیص و تعیین موانع کلیدی به صورت مقادیر کیفی بسیار مشکل است. در این مقاله علاوه بر کمّی نمودن ترم های زبانی، موانع و چالش های پیاده سازی نظام سلامت الکترونیکی با استفاده از خواص مجموعه های فازی در ایران اولویت بندی می شوند.